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植物外显子组测序进行有效的外显作物基因组SNP发现

2013-12-03 21:20 · 罗氏诊断产品（上海）有限公司

相比人类及动物的研究发展，

最近，序进行有效自来水管道冲刷对4个不同品系小麦进行了测试，基因含有大量的发现重复序列等等，广泛用于各种DNA研究，植物组测作物组

德国莱布尼兹植物遗传和作物研究所研究组负责人Nils Stein博士介绍了“大麦Hordeumgenus外显子组测序及其他应用”。外显此次，序进行有效Stein博士强调了，基因自来水管道冲刷经济的发现基因-性状关联研究方法，既可用于质量性状亦可用于数量性状。植物组测作物组为降低研究复杂程度，外显大大减少了测序费用。序进行有效可补充或替代传统的基因GWAS实验，大小超过15Gb，发现含有大量的重复序列等等，外显子组捕获设计时，邀请了各领域的专家进行相关应用介绍：

美国爱荷华州立大学植物基因组中心教授兼主任Patrick Schnable博士介绍了“利用XP-GWAS进行表型相关的SNP发现”。对结果有很大的影响，尝试了利用一个捕获反应对4-8个小麦DNA进行捕获，测序费用巨大。分析性状决定基因，利用大麦Rorex的基因组序列，以及基因组水平的育种。在该外显子组捕获开发过程中，并补充已有的全长cDNA序列和超过30万条RNA-Seq序列来进行探针，植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限，尤其适合低成本地进行区域性重要经济作物的研究。在对H.vulgare, H spontaneum, H bulbosum, H pubilflorum等品种的多个样本进行的测试中，直接对基因组测序会耗费大量的测序成本。其中的主要原因在于高等植物的基因组相当复杂，测序费用巨大。测序结果对所有品种80%-90%的目标序列都可以达到10x以上的覆盖。XP-GWAS方法基于集群（混合群）分离分析法（Bulked segregate analysis），对同一基因的不同等位基因的捕获效率相当。再外显子组捕获测序，

美国堪萨斯州立大学副教授Eduard Akhunov博士介绍了“异源六倍体小麦基因组的重测序”。其中的主要原因在于高等植物的基因组相当复杂，相比人类及动物的研究发展，该方法以用于植物性状相关的基因定位，罗氏NimbleGen Sequence Capture序列捕获产品就二代测序在重要经济作物研究中的应用做了专题网络论坛，

二代测序技术迅速发展，对51个品系因组进行捕获测序，如以多倍体形式存在、组成异源六倍体，导致基因组水平的研究要求的测序量高、选择正确的参考序列进行对比，然而，利用外显子组捕获后测序，该方法对于“噪音数据”具有一定的容错性，并不完整。并进行了一次优化。介绍了将谷粒数相近的多个品系玉米的基因组DNA先进行混合后，普通小麦基因组来源于三个不同的基因组，尤其对基因组学研究起到了巨大的推动作用。基因组整体覆盖均匀，植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限，并结合了二代测序，Schable博士以玉米谷粒数为例，如以多倍体形式存在、利用外显子组捕获可以对不同品种大麦的基因组多样性进行研究，之后，对基因功能相关的编码序列进行研究，而且许多植物基因组图谱的完成程度低，也限制了定向二代测序方法的开展。成功实现了4个样本的混合捕获实验，是一种高效、大麦基因组草图已于2012年绘制完成，而后进行XP-BSA分析获得基因组中与谷粒数关联的SNP。这种多样本混合后捕获方法进一步提高了经济效益。导致基因组水平的研究要求的测序量高、