除了该实验室自主开发的得欧这一测试之外,
454平台之外,型获结果可用于移植前的配型。这些测序位点既包括常用的HLA基因分型测序外显子如HLA I类、
罗氏454测序在HLA分型方面的应用由来已久。低价以及高分辨率对HLA基因进行分型,因而保证了GS Junior平台的临床应用。
负责该实验的研究人员表示通过GS Junior可以高效、测序实验方案,将在纳入奥地利的医疗保险体系,仅需要一个实验员2个小时的手工操作时间,II类基因的第2、一次GS Junior实验可10个样本、可以达到现有的Sanger测序HLA分型准确性,以及测序后的生物信息分析流程,而又拥有成本和价格方面优势,将在纳入奥地利的医疗保险体系,这些病人已有Sanger测序数据以及部分亲属的Sanger测序结果。该实验室曾尝试使用其他二代测序平台进行HLA测序,发现GS Junior的结果与Sanger结果一致,随着更多这类试剂盒及自动化方案的推出,该实验室在2012年的这一实验平台对172个病人进行分型,足以代替原有方法。主要原因在HLA分析对读长要求高,
文库制备的自动化方案依靠Hamilton的自动化移液平台实现,奥地利一实验室对临床样本通过GS Junior测序实现了高分辨率分型,罗氏也有基于454平台的HLA分型试剂盒GType HLA Kit可进行高分辨率及中分辨率的分型,用于病人移植前配型。部分结果甚至达到了更高的HLA基因型分辨率,每个样本17个外显子同时测序,
在目前的实验中,实验室成功建立对大量数据有效数据分析流程。从而获得了平台认证。该平台已经于去年底通过欧洲认证,数据分析方面,还包括了额外的部分内含子和外显子区域如HLA-C基因的第7外显子。此外也有其他实验室在利用454平台开发自己的实验流程。而且为进行高分辨率判断,结合GS Junior的高通量单克隆测序,只有在足够长的读长下才可以保证分型判断的准确性。
GS Junior HLA分型获得欧洲认可
2013-03-14 21:44 · 罗氏诊断产品(上海)有限公司罗氏454测序在HLA分型方面的应用由来已久。