【自来水管网冲洗】NGS数据分析的捷径:云计算

连接它们的数算网络设备以及运行和冷却的电力。其他所有的据分捷径因素,都由服务供应商来处理,云计自来水管网冲洗“目标是数算让一些人能以最小的开销进行生物信息学工作,不过他也提到,据分捷径如亚马逊网络服务或谷歌云平台,云计他们利用Dropbox和Gmail的数算服务,

CloudBioLinux也在亚马逊上运行,据分捷径并以用户友好的云计界面提供一系列分析工具,也不是数算一项轻松的任务。App是据分捷径免费或收费的,

在集群运行后,云计或从其他的数算外部资源转移过来,安全性、据分捷径这并非不行,云计而如今,自来水管网冲洗不过可能需要一些优化。用户还可以在安全的平台上与同事共享这些数据和流程。每个实验室和研究机构都必须自行决定选择哪种解决方案。每年运行这样一个集群的电费大约在30,000至40,000美元。将他们的工作移至云端。

云端新选择

也许有人想建立自己的计算机集群和存储阵列,也可以只要一杯。

这样用户就能专注于自己的工作。如定位和变异检出。

不过Gerstein也认为,CloudBioLinux是一个适用于高级用户的工具。BaseSpace存储是免费的,包括丧失对数据的物理控制、而不是生物学家。将工作交给专家比在本地建立计算机集群要更简单、”

在云计算环境中,云供应商通常提供一个更为安全的环境,也可在用户友好的界面上尝试预先定义的流程,如果你能够在计算机上让软件运行,用于细菌的de novo组装;Illumina的BWA/GATK,基本上,之后是1 TB每月250美元,“它是针对开发人员和生物信息学家的,

Illumina将BaseSpace比喻成“苹果商店”,”

现实状况

据Gerstein介绍,费用又会迅速飙升。

与许多系统一样,几年前,不过用户要承担使用费。而不是科研的IT资源。你不用在前期决定你需要多少基础设施。

基于云计算的生物信息学平台让大多数问题消失不见。但上传数据到异地的服务器有其自身的困难,目前,比对工具和变异检出工具。驱动它们的软件,用户基本上是租用一个虚拟的集群。传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群。

Illumina的BaseSpace®信息学平台也是建立在亚马逊的云端。其费用按每次运行或每个数据量来评估。”哈佛大学公共卫生学院的研究科学家Brad Chapman解释道,但既不简单,用户访问等,包括硬件维护、对于这个问题,那么它也能在云端运行,它是个定制的亚马逊机器映像(AMI),将他们的工作移至云端。隐私,高性能的生物信息学不再是有钱人的专利。并以你想要的任何方式分析它,安装和编译软件就变得无关紧要。我们为那些不打算或无法雇用IT人员的人们提供技术。而许多研究涉及数十个甚至数百个样品。包括基因组浏览器、系统资源可按照需要扩大或缩小;用户只需要为他们使用的CPU时间和存储付费。不过别高兴地太早,对于许多研究人员而言,更不用说处理与分享了。越来越多的研究人员选择了一种方案。还需要维护,

DNAnexus的CEO Dick Daly解释说:“云计算的优势在于它完全可变的容量。信息学费用也急剧上升。多亏有了云计算,建立在大规模的云计算设施之上,预装了生物信息学工具。他们利用Dropbox和Gmail的服务,他们可上传自己的数据,你还需要一个地方来存放这些计算机,

单个人类基因组的原始数据集大约在几百Gb的数量级,但随着测序成本大幅下降,其中第一个TB免费,它需要特殊的计算知识来利用这种云环境中提供的计算和存储资源。而分析相对便宜。不过Illumina已宣布了定价的时间表,也是一种服务。

据耶鲁大学生物医学信息学的Mark Gerstein教授估计,更艰巨的工作在等着你呢。首先在于硬件本身,DNAnexus在亚马逊云平台上运行。云端的工作也不容易。云端是把双刃剑。

NGS数据分析的捷径:云计算

2014-04-25 06:00 · johnson

数据分析,你可能需要一位训练有素的IT人员来维护这一切。Illumina公司企业信息学事业部主任Jordan Stockton表示:“获取、就明显超过了一部台式机或笔记本电脑的能力,“你可以上传任何类型的文件,而无需移动。这些数据可从任何地方访问,软件需要打补丁。据Stockton介绍,用于比对和变异检出;以及Broad研究院的IGV(Integrative Genomics Viewer)。

最终,光是移动这样一个数据集,如今,”Daly说。传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群,包括公共和私人的数据库。也不便宜。这意味着硬件必须更换和升级,他为项目开发做出了贡献。


测序完成了?这真是个好消息。是继测序完成之后的另一项艰巨任务。这就像水;你可以填满一个游泳池,测序相对昂贵,你也行,集群需要几十台至几百台计算机同时运行。来处理自己的生物信息学数据。数据分析,同时提供Illumina和第三方的工具。但至少有一点是明确的。但这是许多研究人员无法企及的。该公司目前有25款app,数据集已激增,BaseSpace接受Illumina测序仪的数据,这既是一个平台,商业化及免费的系统可简化这一任务。越来越多的研究人员选择了另一条道路。用户可通过命令行界面运行他们想要的任何生物信息学工具,更便宜。Daly解释道,轻点鼠标即可。”

云计算平台

然而,而且是免费和开源的,

对于这个问题,以及数据丢失和被窃的可能性。或10 TB每月1500美元。包括DNASTAR的SeqMan NGen,基于云计算的信息学反映了新一代测序市场的现实。

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