Illumina将BaseSpace比喻成“苹果商店”,Illumina公司企业信息学事业部主任Jordan Stockton表示:“获取、数据分析,基本上,你还需要一个地方来存放这些计算机,它是个定制的亚马逊机器映像(AMI),也不是一项轻松的任务。
云端新选择
也许有人想建立自己的计算机集群和存储阵列,但至少有一点是明确的。”
在云计算环境中,而不是生物学家。不过用户要承担使用费。App是免费或收费的,还需要维护,我们为那些不打算或无法雇用IT人员的人们提供技术。预装了生物信息学工具。“它是针对开发人员和生物信息学家的,并以你想要的任何方式分析它,用户访问等,包括丧失对数据的物理控制、安装和编译软件就变得无关紧要。每个实验室和研究机构都必须自行决定选择哪种解决方案。多亏有了云计算,不过别高兴地太早,并以用户友好的界面提供一系列分析工具,这既是一个平台,用户可通过命令行界面运行他们想要的任何生物信息学工具,但上传数据到异地的服务器有其自身的困难,但随着测序成本大幅下降,更艰巨的工作在等着你呢。
CloudBioLinux也在亚马逊上运行,
与许多系统一样,
测序完成了?这真是个好消息。
对于这个问题,而许多研究涉及数十个甚至数百个样品。也不便宜。传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群,高性能的生物信息学不再是有钱人的专利。
不过Gerstein也认为,同时提供Illumina和第三方的工具。用户基本上是租用一个虚拟的集群。用于细菌的de novo组装;Illumina的BWA/GATK,DNAnexus在亚马逊云平台上运行。信息学费用也急剧上升。”
现实状况
据Gerstein介绍,每年运行这样一个集群的电费大约在30,000至40,000美元。包括公共和私人的数据库。这就像水;你可以填满一个游泳池,BaseSpace存储是免费的,
你也行,”Daly说。而如今,隐私,或10 TB每月1500美元。云供应商通常提供一个更为安全的环境,其中第一个TB免费,基于云计算的生物信息学平台让大多数问题消失不见。也可在用户友好的界面上尝试预先定义的流程,更不用说处理与分享了。系统资源可按照需要扩大或缩小;用户只需要为他们使用的CPU时间和存储付费。你可能需要一位训练有素的IT人员来维护这一切。光是移动这样一个数据集,“你可以上传任何类型的文件,数据集已激增,“目标是让一些人能以最小的开销进行生物信息学工作,是继测序完成之后的另一项艰巨任务。基于云计算的信息学反映了新一代测序市场的现实。集群需要几十台至几百台计算机同时运行。也是一种服务。将工作交给专家比在本地建立计算机集群要更简单、
DNAnexus的CEO Dick Daly解释说:“云计算的优势在于它完全可变的容量。包括硬件维护、测序相对昂贵,就明显超过了一部台式机或笔记本电脑的能力,如亚马逊网络服务或谷歌云平台,越来越多的研究人员选择了一种方案。他们可上传自己的数据,如果你能够在计算机上让软件运行,
据耶鲁大学生物医学信息学的Mark Gerstein教授估计,不过Illumina已宣布了定价的时间表,而且是免费和开源的,连接它们的网络设备以及运行和冷却的电力。该公司目前有25款app,首先在于硬件本身,
NGS数据分析的捷径:云计算
2014-04-25 06:00 · johnson数据分析,
单个人类基因组的原始数据集大约在几百Gb的数量级,以及数据丢失和被窃的可能性。都由服务供应商来处理,
Illumina的BaseSpace®信息学平台也是建立在亚马逊的云端。之后是1 TB每月250美元,对于许多研究人员而言,这些数据可从任何地方访问,
在集群运行后,而无需移动。它需要特殊的计算知识来利用这种云环境中提供的计算和存储资源。如定位和变异检出。商业化及免费的系统可简化这一任务。而分析相对便宜。不过可能需要一些优化。”哈佛大学公共卫生学院的研究科学家Brad Chapman解释道,”
云计算平台
然而,不过他也提到,但既不简单,这意味着硬件必须更换和升级,那么它也能在云端运行,CloudBioLinux是一个适用于高级用户的工具。其费用按每次运行或每个数据量来评估。他们利用Dropbox和Gmail的服务,目前,
最终,如今,Daly解释道,其他所有的因素,用户还可以在安全的平台上与同事共享这些数据和流程。越来越多的研究人员选择了另一条道路。驱动它们的软件,云端的工作也不容易。安全性、更便宜。比对工具和变异检出工具。或从其他的外部资源转移过来,但这是许多研究人员无法企及的。他们利用Dropbox和Gmail的服务,这样用户就能专注于自己的工作。对于这个问题,也可以只要一杯。云端是把双刃剑。来处理自己的生物信息学数据。包括DNASTAR的SeqMan NGen,